Long COVID（罹患後症状）の病態はいまだ十分には解明されていませんが、本研究は英国の大規模な前向きコホート（PHOSP-COVID）を用い、退院6ヶ月後の口腔・喀痰マイクロバイオームの乱れ（ディスバイオシス）が、肺機能低下や神経認知症状、消化器症状といった特定の表現型と関連することを示しました。特に、乳酸菌優位なキーストーン分類群の変化が血中の炎症性タンパク質上昇と相関した点は興味深い知見です。観察研究であるため因果関係は不明であり、直ちに実臨床でのマネジメントやガイドラインを変更するものではありませんが、Long COVIDの多様な症状を生物学的に裏付ける知見として注目されます。今後のマイクロバイオームを標的とした介入研究の基礎となる報告です。

Sputum and oral microbiota profiles are associated with long COVID severity and phenotype post-hospitalisation: a UK multicentre, prospective cohort study
退院後のLong COVIDの重症度および表現型と関連する喀痰および口腔内マイクロバイオームプロファイル：英国多施設前向きコホート研究
Alferes de Lima Headley D, Richardson H, Hennayake C, et al.
Eur Respir J. 2026 Oct 11:2601162.

背景：急性COVID-19は気道マイクロバイオームを変化させる。これらの変化がCOVID-19後も持続し、Long COVIDに寄与するかどうかは不明である。我々は、Long COVIDの重症度およびサブタイプ別にマイクロバイオームを記述し、炎症との関連を特定することを目的とした。

研究デザイン：英国の縦断的COVID-19退院後研究（PHOSP-COVID）に成人を前向きに登録した。患者は、既報の「重症度クラスター」（継続的な健康障害によるもの）および症状サブグループによって分類された。退院6ヶ月後の口腔および喀痰マイクロバイオームを16S rRNA遺伝子アンプリコンシーケンスによって特徴づけ、マイクロバイオームの多様性を評価した。共起ネットワーク分析によりキーストーン分類群を特定した。キーストーン分類群と血漿炎症性タンパク質との関連は、Spearmanの順位相関を通じて評価した。

結果：771名の参加者のマイクロバイオームが評価された。口腔内洗浄液の採取および「重症度クラスター」の割り当てが行われた参加者（平均年齢57.5歳）のうち、722名中278名（38.5%）が女性であった。主に肺に疾患の性質が見られる「最重症」クラスターは、COVID-19後の特異的なマイクロバイオームプロファイルと関連していた。肺機能の低下は特異的な口腔内マイクロバイオームプロファイルと関連していた。持続的な神経認知症状は特異的な口腔内マイクロバイオームプロファイルと関連している一方で、消化器症状は特異的な喀痰マイクロバイオームプロファイルと関連していた。マイクロバイオームのキーストーン分類群は、より不良な健康転帰と関連する乳酸菌の有病率が高い状態へとシフトしていた。乳酸菌の存在量は、血中の炎症性タンパク質の上昇と関連していた。

結論：Long COVIDにおいて、特異的な口腔および喀痰マイクロバイオームプロファイルは、肺機能ならびに神経認知症状および消化器症状と関連していた。より不良な健康転帰に基づく、炎症と関連するキーストーンマイクロバイオーム分類群のシフトは、宿主の免疫応答に関連している可能性のある乳酸菌の役割の変化を示唆している。