リハビリテーション（以下リハ）部門は、亀田総合病院リハビリテーション室、亀田クリニック・リハビリテーション室（平成7年4月）、亀田リハビリテーション病院（平成16年6月）、亀田健康増進センターを中心に、関連施設である社会福祉法人たいよう会　介護老人保健施設「たいよう」、特別養護老人施設「めぐみの里」、身体障害者施設「しあわせの里」、さらには神奈川県厚木市にある同一法人「森の里病院」、法人外ではあるが埼玉県岩槻市にある「田中整形外科」などの各事業所とそれを同一システム、教育体制、人事体制で統括するリハビリテーション事業管理部で構成されている。これは安房地域におけるリハビリテーション・サービスを効果的に提供するための縦断的専門細分化と、それぞれのサービスの質を均一化することを目的とした横断的組織体制を組み合わせたマトリクス組織体制となっている。

2006年4月現在、理学療法士（PT）68名、作業療法士（OT）24名、言語聴覚士（ST）13名、健康運動指導士1名、医事事務6名と総勢112名のスタッフを配置し、地域の患者さまが満足していただける、質の高い医療サービスの提供するために以下の項目にチャレンジしています。

(1)患者様の機能に応じたサービスを提供するために施設の機能分化を進める。 (2)各施設の機能に応じた専門スタッフを配置する。 (3)スタッフの質を保つために段階的な職員教育を積極的に導入しています。 (4)新人教育、シニア教育は各事業所を半年、１年単位でローテーションをする。